MIMI bouleverse les sciences du vivant

En se donnant des allures de bactérie, le virus géant MIMI a réussi à échapper aux virologues jusqu’a ce que l’œil acéré du Pr Didier Raoult se pose sur lui en 2003 et remette en question tout un pan de la science du vivant. Ce personnage atypique, considéré comme l’un des 10 meilleurs chercheurs de France, utilise en effet une approche de recherche ouverte, sans direction préalable et sans a priori, qui lui a permis de révéler un monde invisible aux autres observateurs. « Les scientifiques ont parfois ainsi des choses juste sous leurs yeux mais ils ne les voient pas parce qu’ils ont une opinion sur ce qu’elles devraient être », observe le Pr Raoult, responsable du laboratoire de bactério-virologie-hygiène de l’hôpital de la Timone, à Marseille. Depuis, les mimivirus ont été retrouvé dans de nombreux milieux naturels, en particulier dans le milieu marin mais également au voisinage de l’homme pour lequel il pourrait avoir une certaine pathogénicité. « Mimivirus a été retrouvé chez un nombre important de patients en réanimation et sa présence n’est pas anodine », souligne le Pr Laurent Papazian, responsable du service de réanimation de l’hôpital Sainte Marguerite à Marseille. (écouter ci-contre)
Avec son tour de taille avoisinant les 800 nm, MIMI  avait en fait été découvert en 1992, niché dans une amibe extraite d’une tour de réfrigération de la ville de Bradford, au Royaume-Uni et, après coloration, classé parmi les coques Gram +. Avec son approche ouverte, le Pr Raoult se trouve amené à observer ce nouveau germe au microscope électronique et s’aperçoit que ce « coque » a en fait une structure icosaédrique, typique des virus.
Le nouveau « MIMIcking » microbe (qui imite une bactérie), 2,5 fois plus gros que les plus gros virus connus jusque là, recèle d’autres surprises qui remettent également en question les acquis actuels sur les virus : son énorme génome est constitué de 1, 2 millions de bases, il est donc plus important que celui d’au moins 25 bactéries déjà séquencées et comprend plus de 1200 gènes. Il contient également de l’ARN. Par ailleurs, de façon tout à fait exceptionnelle, certains de ses gènes sont associés à des fonctions de traduction des protéines, ce qui va à l’encontre de l’idée selon laquelle les virus se reposent entièrement sur les structures de traduction des cellules qu’ils infectent. « Les mimivirus installent, dans la cellule infectée, une énorme usine à virus qui tourne à une vitesse extrêmement rapide, faisant un véritable hold up de la cellule dont il vide le noyau, sans doute grâce à cette capacité de traduction propre » souligne le Pr Raoult. L’absence de ribosome et de protéines ribosomales, jamais identifiés dans des virus, pourrait être le trait le plus distinctif avec les autres éléments du vivant.
La découverte des mimivirus remet donc en question un certain nombre d’acquis scientifiques sur les virus mais aussi, à une échelle plus large, sur la constitution de l’arbre généalogique du vivant. Son génome contient en effet les 9 gènes communs découverts par le virologue américain Eugene Koonin chez de nombreux virus, ce qui indique une possible origine commune –et lointaine- de tous les virus contrairement à une hypothèse qui les considère comme une invention récente et aléatoire. Mimivirus comprend également 7 gènes retrouvés chez tous les êtres vivants, suggérant que leur origine est mêlée à celle de l’ensemble du monde vivant. En fait, les virus géants pourraient même constituer une quatrième branche de l’arbre de vie, aujourd’hui divisé entre les eukaryotes, les bactéries et les archae.
Cette aventure de la science du microscopique pourrait même avoir été définitivement complétée par une nouvelle découverte de l’équipe de la Timone : le premier virophage. En observant le virus MAMA, un nouveau virus géant légèrement plus gros que MIMI, ils ont remarqué que celui-ci était infecté par un petit virus, baptisé Sputnik , capable de nuire à son développement. « Il s’agit là d’un véritable chaînon manquant car toutes les autres formes d’organismes avaient un virus capable de les parasiter et de réaliser du transfert de gène d’une particule à une autre et elle manquait à ces gros virus » indique le Pr Raoult. Les travaux de cette équipe hors normes ont suscité l’intérêt de l’ensemble de la communauté scientifique mais peu de chercheurs travaillent sur ces sujets. Les premières publications cliniques, trois en 2008 et une en janvier 2009, liant l’homme à ces nouveaux organismes devraient provoquer une poussée d’intérêt pour MIMI et MAMA.

Pauline Léna

Questions à

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Confirmer la morbidité des infections

Medecinews. Les mimivirus sont-ils souvent présents dans l’environnement de l’homme ?
Pr Laurent Papazian. A côté des bactéries que l’on rencontre usuellement comme étiologie des pneumonies acquises sous ventilation mécanique, il a été démontré qu’un certain nombre de virus pouvaient être responsables de ces pneumonies. Parmi ces virus, dans un pourcentage assez important de cas de 5 à 10 %, on observe des positivations de sérologie à mimivirus, sachant que la limite qu’on peut mettre à l’heure actuelle est qu’on n’a pas montré d’examen histologique du poumon montrant une pneumonie à mimivirus.

Ces observations ont-elles déjà été publiées ?
Pr L.P. Plusieurs études épidémiologiques ont montré la présence de sérologies positives pour le mimivirus chez des patients qui présentaient des pneumonies communautaires et en particulier des enfants. Chez l’adulte, une étude plus convaincante vient d’être publiée dans Critical Care Medicine, en janvier 2009, qui montre que chez des patients de réanimation qui positivent leur sérologie durant leur séjour en réanimation alors qu’ils sont sous ventilation artificielle, on observe une augmentation de la durée de séjour en réanimation et une augmentation de la durée de ventilation mécanique.

Quelles sont les prochaines étapes de la recherche clinique sur ces virus ?
Pr L..P. Dans les années futures, au moins 2 axes sont à privilégier. Tout d’abord confirmer la morbidité de ces infections à mimivirus et également étudier des variants de mimivirus, d’autres sérotypes qui pourraient également être pathogènes chez l’homme.

Entretien avec P.L.